由政府委任的獨立認證機構負責在醫療專業團體提交申請後進行認可程序。
認證機構轄下的認證處會提供行政及秘書支援服務。當接獲申請後，認證處會就有關申請進行技術檢查，然後評審組會評核相關醫療專業團體所提交的申請資料和證明文件。認證機構亦設立認證委員會，由委員會主席主持會議，以通過由評審組所呈交的認可結果和建議。認證機構會建議認可結果，供衞生署考慮接納。
認證機構的職責如下-
衞生署已委任香港中文大學賽馬會公共衞生及基層醫療學院為先導計劃的認證機構。